IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR Test

分析验证和交叉特异性研究

IDEXX 参考实验室基于人爆发期公布的SARS-CoV-2病毒遗传序列,开发出一款全新的用于检测SARS-CoV-2 (COVID-19)RealPCR 检测产品。这款 IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR 检测产品符合所有分析验证的要求。特异性研究表明,新款 PCR 检测试剂盒与感染宠物的常见畜类冠状病毒之间无交叉反应。同样,目前可用于检测这些畜类冠状病毒的RealPCR检测试剂盒也与合成的COVID-19 核酸无交叉。IDEXX RealPCR检测产品在加州 West Sacramento 分子诊断 (PCR) 实验室的标准的RealPCR 平台上设计并应用。我们使用这一新款 IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR 检测试剂盒筛查了 4000 多份犬、猫和马样本。自 2020 2 14 日起 4 周内,我们收到了来自于美国和韩国等地提交的病患样本,包括来自西雅图地区等正遭受人 COVID-19 疫情袭击的地区提交的样本。这些样本的检测同时也与疾控中心 (CDC) 的三项检测平行进行。在3月中,IDEXX将检测范围扩大到了加拿大和欧洲一些国家,包括那些人类COVID-19感染比例较高的地区。截至4月中旬,已对5000多个样本进行了SARS-CoV-2病毒检测,所有标本均为阴性

产品设计和分析验证

IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR 检测产品的靶标与 CDC 检测相同,即核衣壳蛋白基因。该靶标的确定基于有高度保守性的序列分析结果,可满足我们标准化平台的熔点和分析要求。为验证这一新款检测产品,我们首先通过比对 300 多个公开遗传序列进行 BLAST 序列分析。其次,我们采用了合成型阳性对照,以在功能上验证试剂性能,结果满足扩增中信噪比稳定性、有效性、批间和批内重复性以及相关性等方面的要求。此外,为确认检测结果,IDEXX 还开展了与 IDEXX 检测平行进行的三项 CDC 检测。这三项确认性检测参照 CDC 检测方法,最初于 2020 年 1 月 24 日发表。1,2

所有 4 项检测 (SARS-COV-2) 的交叉特异性验证均采用合成型阳性畜类冠状病毒靶标,以及经 IDEXX 诊断性平台提交的 犬呼吸道冠状病毒、犬猫肠冠状病毒、马肠冠状病毒PCR阳性样本。在实时 PCR 验证筛选期使用了如下对照品: 

  • 阴性提取对照 (NEC):所有经 PCR 评估为阴性的阴性提取样本。
  • 基于内源性对照基因用实时 TaqMan® PCR 检测的预分析样本质控。所有样本(不论是阳性还是阴性)均达到样本质控要求。
  • PCR 阴性对照:所有经评估为阴性的 PCR 阴性对照。
  • PCR 阳性对照:所有经检测为阳性的 PCR 阳性对照(合成型阳性对照)。
  • 环境污染监测:取自 PCR 实验室内不同区域且在污染监测中经检测为阴性的所有样本

此外,我们还对通过 IDEXX 检测性平台提交且经 PCR 检测呈阳性的犬呼吸道冠状病毒、犬猫肠冠状病毒以及马肠冠状病毒样本进行了所有 SARS-CoV-2筛查检测。对于这些其他冠状病毒群,各项 CDC 检测和 IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR 检测的结果均为阴性。

筛查方法

在通过诊断性 IDEXX RealPCR 平台提交的所有供犬/猫/马呼吸道及腹泻检测的样本中,随机选取一些样本进行检测。用于筛查的初始样本包括拭子(多数为深咽部 [咽喉] 和结膜 [眼] 拭子)和粪便样本。在于 2 月 14 日至 3 月 12 日筛查的 3500 多个样本中:

  • 筛查的样本来自全美 50 个州和韩国。
  • 犬、猫和马样本的比例分别为 55%、41% 和 4%。
  • 77% 为呼吸道样本,23% 为粪便样本。

#本文仅为英文原版内容的中文翻译文本,任何时候,如果英语版本与中文版本之间有任何不一致,都应以英语版本的内容为准

 

参考文献

  1. Centers for Disease Control and Prevention, Division of Viral Diseases. CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel Instructions for Use. CDC 出版号 CDC-006-00019,修订版: 02. www.fda.gov/media/134922/download. 生效时间:2020 年 3 月 15 日。访问时间:2020 年 3 月 16 日。
  2.  Centers for Disease Control and Prevention, Division of Viral Diseases. Research Use Only Real-Time RT-PCR Protocol for Identification of 2019-nCoV. www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/rt-pcr-detection-instructions.html. 更新时间:2020 年 3 月 14 日。访问时间:2020 年 3 月 5 日